[Datafile S5: Alternative phylogeny used for amphibians]


#NEXUS
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	Acris_crepitans
	Adelotus_brevis
	Ambystoma_cingulatum
	Ambystoma_dumerilii
	Ambystoma_jeffersonianum
	Ambystoma_macrodactylum
	Ambystoma_maculatum
	Ambystoma_mexicanum
	Ambystoma_opacum
	Ambystoma_ordinarium
	Ambystoma_tigrinum
	Aneides_aeneus
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	Aneides_flavipunctatus
	Aneides_hardii
	Aneides_lugubris
	Assa_darlingtoni
	Batrachoseps_attenuatus
	Batrachoseps_nigriventris
	Batrachoseps_pacificus
	Batrachoseps_wrighti
	Bolitoglossa_adspersa
	Bolitoglossa_dunni
	Bolitoglossa_engelhardti
	Bolitoglossa_franklini
	Bolitoglossa_hartwegi
	Bolitoglossa_lincolni
	Bolitoglossa_mexicana
	Bolitoglossa_morio
	Bolitoglossa_occidentalis
	Bolitoglossa_platydactyla
	Bolitoglossa_rostrata
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	Bufo_alvarius
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	Chiropterotriton_chondrostega
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	Chiropterotriton_multidentatus
	Craugastor_fitzingeri
	Craugastor_fleischmanni
	Crinia_parinsignifera
	Crinia_signifera
	Cyclorana_alboguttata
	Cyclorana_brevipes
	Dendrobates_auratus
	Dendropsophus_labialis
	Desmognathus_fuscus
	Desmognathus_monticola
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	Desmognathus_quadramaculatus
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	Dicamptodon_ensatus
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	Engystomops_pustulosus
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	Paa_spinosa
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	Philautus_surdus
	Philoria_sphagnicolus
	Phyllomedusa_bicolor
	Platymantis_corrugatus
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;
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	tree tree_1 = [&R] (((((((Philautus_surdus:100.811063,((Rana_erythraea:65.206412,Rana_luzonensis:65.206412):1.144719,(((Rana_sylvatica:43.249704,((Rana_palustris:35.611191,Rana_pipiens:35.611191):7.331395,(Rana_warszewitschii:41.501654,Rana_palmipes:41.501655):1.440932):0.307118):0.1887,(Rana_virgatipes:16.983354,(Rana_catesbeiana:5.99268,Rana_clamitans:5.99268):10.990673):26.45505):1.586498,(Rana_pretiosa:19.180256,(Rana_boylii:15.688547,Rana_cascadae:15.688547):3.491709):25.844647):21.326228):34.459931):6.852542,((Limnonectes_woodworthi:69.405465,Paa_spinosa:69.405465):15.627573,Occidozyga_laevis:85.033038):22.630572):5.080936,(Platymantis_dorsalis:70.366457,Platymantis_corrugatus:70.366457):42.378087):31.10909,(Gastrophryne_olivacea:30.398863,Hypopachus_variolosus:30.398864):113.454774):27.933693,(((((((Leptodactylus_melanonotus:50.130129,Leptodactylus_pentadactylus:50.13013):25.496959,Engystomops_pustulosus:75.627087):16.192126,(Bufo_haematiticus:59.303847,(Bufo_marinus:36.76296,(((Bufo_woodhousii:20.562162,(Bufo_debilis:17.733733,Bufo_cognatus:17.733734):2.828428):5.538904,((Bufo_nelsoni:2.413516,(Bufo_exsul:1.380252,Bufo_canorus:1.380252):1.033264):1.118307,Bufo_boreas:3.531823):22.569245):5.548811,(Bufo_alvarius:25.905417,(((Bufo_canaliferus:19.333663,Bufo_marmoreus:19.333664):5.580674,Bufo_coccifer:24.914336):0.746656,(Bufo_luetkenii:23.010485,Bufo_mazatlanensis:23.010485):2.650508):0.244424):5.744462):5.113081):22.540888):32.515364):7.753965,((((((Hyla_squirella:35.226349,(Hyla_gratiosa:30.977675,Hyla_cinerea:30.977676):4.248673):3.790787,(Hyla_chrysoscelis:38.569257,Hyla_walkeri:38.569257):0.447879):5.237925,(Tlalocohyla_smithii:42.084932,(Smilisca_baudinii:28.047198,(Smilisca_fodiens:19.482441,Smilisca_phaeota:19.48244):8.564757):14.037733):2.170127):13.091176,(((Pseudacris_regilla:14.94425,Pseudacris_cadaverina:14.94425):19.145045,Pseudacris_triseriata:34.089295):10.296179,Acris_crepitans:44.385473):12.960762):15.480258,Dendropsophus_labialis:72.826495):17.883348,((((((Litoria_ewingii:52.649816,Litoria_verreauxii:52.649816):2.307561,(Litoria_rubella:52.96112,(Litoria_peronii:17.339864,Litoria_rothii:17.339864):35.621256):1.996257):0.241338,Litoria_freycineti:55.198713):0.020126,(Litoria_fallax:55.182153,Litoria_bicolor:55.182154):0.036687):0.052629,(((Litoria_wilcoxii:7.438465,Litoria_lesueurii:7.438465):47.692465,((Cyclorana_brevipes:13.75724,Cyclorana_alboguttata:13.757239):41.34019,((Litoria_citropa:54.01226,Litoria_phyllochroa:54.012259):1.054753,Litoria_aurea:55.067012):0.030417):0.033501):0.07231,((Litoria_gracilenta:46.413936,Litoria_chloris:46.413937):8.554211,Litoria_caerulea:54.968148):0.235093):0.06823):11.012619,(Phyllomedusa_bicolor:43.711366,Pachymedusa_dacnicolor:43.711366):22.572723):24.425754):8.863338):12.024408,((Craugastor_fitzingeri:70.219025,Craugastor_fleischmanni:70.219025):24.506429,(Eleutherodactylus_coqui:49.902773,Eleutherodactylus_portoricensis:49.902772):44.822681):16.872131):3.822804,Dendrobates_auratus:115.420387):41.859221,(((Pseudophryne_bibronii:67.699341,((Assa_darlingtoni:29.786345,Geocrinia_victoriana:29.786345):32.06656,(Crinia_signifera:27.16327,Crinia_parinsignifera:27.163271):34.689636):5.846434):22.383781,Mixophyes_fasciolatus:90.08312):12.100172,(Neobatrachus_pictus:57.583238,(((Limnodynastes_dorsalis:28.566162,((Limnodynastes_tasmaniensis:11.809137,Limnodynastes_peronii:11.809137):7.822459,Limnodynastes_fletcheri:19.631596):8.934566):5.44546,Limnodynastes_salmini:34.011622):13.223241,(Philoria_sphagnicolus:44.435533,Adelotus_brevis:44.435533):2.79933):10.348376):44.60006):55.096315):14.507715):30.474394,(Spea_hammondii:64.223265,Scaphiopus_holbrookii:64.223265):138.038467):81.57396,(((((((((((Pseudoeurycea_bellii:28.759551,Pseudoeurycea_cephalica:28.759551):0.231134,((Pseudoeurycea_unguidentis:28.10011,((Pseudoeurycea_nigromaculata:7.388687,Pseudoeurycea_leprosa:7.388688):15.011307,Lineatriton_lineolus:22.399994):5.700116):0.543472,((((Pseudoeurycea_altamontana:1.583763,Pseudoeurycea_robertsi:1.583763):18.861411,Pseudoeurycea_cochranae:20.445173):0.291128,Pseudoeurycea_smithi:20.736301):4.160991,(Pseudoeurycea_brunnata:21.265964,(Pseudoeurycea_goebeli:21.148721,Pseudoeurycea_rex:21.148721):0.117243):3.631327):3.746291):0.347104):4.63834,Parvimolge_townsendi:33.629026):8.180614,((((Bolitoglossa_franklini:28.676116,Bolitoglossa_lincolni:28.676115):4.049457,(Bolitoglossa_morio:27.97708,Bolitoglossa_dunni:27.977079):4.748493):0.060111,(Bolitoglossa_rostrata:32.472695,Bolitoglossa_engelhardti:32.472694):0.31299):0.264298,((Bolitoglossa_adspersa:32.781505,Bolitoglossa_subpalmata:32.781505):0.202873,((Bolitoglossa_hartwegi:32.604053,(Bolitoglossa_rufescens:32.028483,Bolitoglossa_occidentalis:32.028482):0.575571):0.205045,(Bolitoglossa_mexicana:32.678022,Bolitoglossa_platydactyla:32.678022):0.131076):0.17528):0.065604):8.759658):18.649898,(((Chiropterotriton_dimidiatus:21.394125,Chiropterotriton_lavae:21.394125):10.143748,(Chiropterotriton_multidentatus:29.386371,Chiropterotrit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