Additional file 4. Partitioning scheme, evolutionary models and alignments used for phylogenetic and selection analyses. Best partitioning scheme Scheme lnL : -159562.275146 Scheme AICc : 320072.86649 Number of params : 460 Number of sites : 15439 Number of subsets : 12 Subset | Best Model | # sites | subset id | Partition names 1 | GTR+I+G | 2859 | 667ca93e2b6f9f69e855938405cd78bc | nad3_mafft, atp6_mafft, cox2_mafft, cytb_mafft 2 | GTR+I+G | 681 | 847b2c17cd397260606ff33be6780bbb | atp8_mafft, nad6_mafft 3 | GTR+I+G | 1581 | fc8ae86b0940660f9125ede6bc6117cf | cox1_mafft 4 | TVM+I+G | 786 | 513925e664aa2d47bf6016299a2bcbd4 | cox3_mafft 5 | GTR+I+G | 2271 | f7a4e166c2835f2d7dc47f08eaae885b | nad4_mafft, nad1_mafft 6 | GTR+I+G | 990 | d565da93b649c2a3fd36235ae718ee80 | nad2_mafft 7 | GTR+I+G | 2028 | e5b7b0475a1d0ac2e4e519623be9a68c | nad4L_mafft, nad5_mafft 8 | TVM+I+G | 1321 | 1f70d356ece5b1f741be026872a168b6 | rrnL_secAlin, trnQ_secAlin, trnL1_secAlin, trnH_secAlin 9 | TVM+G | 1684 | 87717d77a945857ee37c2a414807a149 | rrnS_secAlin 10 | GTR+I+G | 401 | 61e96ca030c47b9f30d8ec793e564b5c | trnY_secAlin, trnS2_secAlin, trnF_secAlin, trnV_secAlin, trnA_secAlin, trnC_secAlin 11 | TVM+G | 391 | 2ad4287e64fae1a5504074d67e79f9f1 | trnM_secAlin, trnD_secAlin, trnL2_secAlin, trnI_secAlin, trnK_secAlin, trnP_secAlin 12 | TVM+G | 446 | 2de1217ec9def159665efc7884913faf | trnE_secAlin, trnS1_secAlin, trnW_secAlin, trnR_secAlin, trnG_secAlin, trnT_secAlin, trnN_secAlin Scheme Description in PartitionFinder format Scheme_step_25 = (nad3_mafft, atp6_mafft, cox2_mafft, cytb_mafft) (atp8_mafft, nad6_mafft) (cox1_mafft) (cox3_mafft) (nad4_mafft, nad1_mafft) (nad2_mafft) (nad4L_mafft, nad5_mafft) (rrnL_secAlin, trnQ_secAlin, trnL1_secAlin, trnH_secAlin) (rrnS_secAlin) (trnY_secAlin, trnS2_secAlin, trnF_secAlin, trnV_secAlin, trnA_secAlin, trnC_secAlin) (trnM_secAlin, trnD_secAlin, trnL2_secAlin, trnI_secAlin, trnK_secAlin, trnP_secAlin) (trnE_secAlin, trnS1_secAlin, trnW_secAlin, trnR_secAlin, trnG_secAlin, trnT_secAlin, trnN_secAlin); Nexus formatted character sets begin sets; charset Subset1 = 6961-7317 1-669 2413-3105 3892-5031; charset Subset2 = 670-831 10678-11196; charset Subset3 = 832-2412; charset Subset4 = 3106-3891; charset Subset5 = 7612-8943 5032-5970; charset Subset6 = 5971-6960; charset Subset7 = 7318-7611 8944-10677; charset Subset8 = 11197-12310 14910-14982 14588-14652 14386-14454; charset Subset9 = 12311-13994; charset Subset10 = 15365-15439 15104-15169 14253-14318 15233-15299 13995-14060 14061-14121; charset Subset11 = 14715-14776 14122-14187 14653-14714 14455-14519 14520-14587 14842-14909; charset Subset12 = 14188-14252 15046-15103 15300-15364 14983-15045 14319-14385 15170-15232 14777-14841; charpartition PartitionFinder = Group1:Subset1, Group2:Subset2, Group3:Subset3, Group4:Subset4, Group5:Subset5, Group6:Subset6, Group7:Subset7, Group8:Subset8, Group9:Subset9, Group10:Subset10, Group11:Subset11, Group12:Subset12; end; Alignment (PCGs+rRNAs+tRNAs) used for PhyloBayes 16 15439 Acanthogammarus_victorii ATGGTAACTAACTTATTCTCTATTTTTGACCCCTCCGCCCCCCACTTATTATTTTCTAATTGAGCCTCTATCCTAATATTCACCGCCTTGGTCCCCCTATTTATTTGGACTTTGCCAAACCGGTCAAAAATTTTGTCCGCGGTACTAACTAGCTATATTTTTAAAGAGTTTAAGCCCCTAATCAAAAAATCTTCCTATTTCTTAATTTTTCCGCTAACACTATTTACCTTTATTATGTTGAGCAACCTGTTTGGCCTAGTGCCTTATGTATTTACAGGGTCTAGCCAGCTTGTTTTTACACTTTCCCTAGCGCTACCCGTATGACTAACTCTAGTAGTGTACGGTTACTTAAACAACCTCTCTAACCTTATAGCCCATCTAATCCCTCAAAGGACCCCGGGACTACTAATACCCTTTATAGTCCTAATCGAAGTAGTTAGAAACTTAATTCGGCCCCTCACTCTAGCCGTGCGGCTAATAGCCAATATAGTAGCAGGACACCTCCTAATTGTCCTTTTAAACTCTATCGAG---ACCACCTCTGTCTTAGTGCACACTCTTGTCTTCCCCGTCAAGCAAATACTTCTTTTGCTCGAGCTAGCTGTTGCCTTTATTCAAGCTTACGTATTTAGTGTCTTAGTTACCTTATACGCTGCTGAATTTATCTCCGTGCCTCAAATAGCTCCTGTTATATGATTACCTCTATTTACCCTAATTATCTCACTTATACTTATCATGAAGTGCACTACCTACTTTGTCCCATCTAAC---CCCTCAATAACCTGCTATCTAGGCTCAACCCCATTCACA---CCTAACTGACTATGG---ATT------ATTAAACATTGGTTGTTTTCCACAAACCACAAAGATATTGGCACACTATACTTTATCTTAGGAGCCTGAGCTGGTATAGTGGGTACCTCAATAAGAGTGATCATTCGATCCGAGTTAAGCGCCCCAGGTAACTTAATTGGTGATGACCAGCTATATAACGTTATAGTAACCTCACACGCTTTTGTCATAATTTTTTTTATAGTCATACCTATCATAATCGGAGGATTTGGTAACTGGCTAGTCCCACTAATACTCGGCAGCCCCGATATAGCCTTCCCACGTATAAACAACATAAGATTTTGATTACTCCCGCCCTCCCTCACCCTTTTAATCACTAGAGGGCTAGTCGAAAGAGGAGTAGGCACAGGCTGGACCGTATACCCTCCGCTATCAGGTACAACAGCCCATAGGGGCAGGGCTGTAGACCTGGCTATTTTCTCACTACACCTAGCCGGAGCTTCGTCTATTCTAGGGGCCGTAAACTTTATCTCCACTATCGCTAACATACGTAGCCCTAGGATAGCGTTAGACCAAATGCCTCTGTTTGTTTGGGCTATCCTCATTACAACCGTGCTACTCCTTTTATCTCTACCCGTGCTCGCTGGAGCCATCACGATACTACTTACAGACCGTAACCTTAACACATCATTTTTTGACCCCGGGGGGGGTGGAGACCCTATCCTGTACCAGCACCTATTTTGATTTTTTGGCCACCCCGAAGTTTACATTCTAATCTTACCCGCTTTTGGGATAGTCTCACATATCGTAAGACAAGAGTCAGGTAAAAAAGAAACATTCGGCTCCCTAGGCATAATTTATGCCATACTCGCTATTGGCTTCCTAGGCTTTATCGTGTGGGCACACCACATATTCACAGTTGGTATAGATGTAGACACTCGAGCTTACTTCACCTCCGCTACAATAATTATCGCTGTTCCGACCGGCATCAAGGTATTCAGCTGGCTAGGGACCTTACAAGGAGGGAGGATTAAGTTTACCCCTGCTTTAATTTGAAGGCTCGGTTTCATCTTTCTTTTTTCGATTGGTGGCCTAACAGGAGTTATGTTGGCTAACTCGTCAATCGACATTGTTCTCCATGACACTTACTATGTGGTCGCGCACTTTCACTATGTATTATCTATAGGCGCTGTTTTTGGTATCTTCGCTGGCTTCGCCTACTGGTTCCCTTTATTCACAGGGGTGACTGCCAACCCTGTACTAGCAAAAGCTCACTTTTATGCTATATTTACAGGGGTGAACTTAACTTTTTTCCCTCAACATTTTCTTGGCTTAACGGGCATGCCCCGTCGCTACTCCGACTACCCTGACTTCTTTACAGCTTGAAACACTATATCGTCCGTAGGTTCTTACATCTCAGTCGTGGGTATAGTACTATTTGTTCTTATAGTTATGGAAGCCTTTGTAGCTAAGCGCCCCGCCCTTTTCTCTTTAAGCCTAGCTTCTGCTTTAGAGTGGCAGCACCCATACCCTCCAGCTGGTCATAGCTACAGGAGAACCCCTATTCTAGCT---------------------------------------TCGTTGCCCACTTGACACACGCTATCCCTACAAGACAGGGCATCACCATCAATAGAGCAATTGACTTTATTCCATGACTTCACTATAGCGGTTTTAACTTTAATTACAATTATAGTTGCTTTAAACATAGGGTCTATCTGTTACTACACTCTAACAGACCGATTCTTAATACAACACCAAATAGTAGAGATCATTTGAACCGCCTGTCCTATCCTTGTGCTTATCACTATTGCCCTACCGTCCCTACAGACCCTGTATATCCTAGACGACCCCGCCTCGCCCAACCTAACCATTAAGGCTGTTGGCCATCAGTGGTATTGGTCCTACGAGTTTTCGGACTTCCGTAACCTAGAGTTTGACTCTTATATAATCCCTACCTCAGATCTAGTCTCT---------TACCAGGCCCGACTGCTAGAAACTGACAACAGGGTGGCTTTACCCACTAACTCCCAAATCCGGTTAGTCACTACCAGAACTGACGTTATCCACGCCTGGACCATACCCTCCCTAGGCCTTAAGGCAGACGCAGTTCCTGGGCGGTTAAACCAGCTCATATTTTCGGTCAAACGAGCCGGCATTTTTTACGGCCAGTGCAGAGAAATCTGCGGGTCTAACCACAGATTTATGCCAATCAAAATTGAAGCTATCCCTATGGCTTCTTTCTTAACCTGGGCCCTGTCCTTTGAC---ATGACAACTTCG---AGCCACCCTTATCATTTAGTCGAGAAGAGCCCATGACCTATTACTGCTTCATTAAGGGCTATGTTGCTAACTGCGGCCTTAACTAAATGGTTTCATCATATAACTTTAGCGCTGCTAGTAGTTGCGTTGCTCGCTGTAGGAATAGTTAGGTACCAATGGTGACGAGATGTGTCTCGAGAAGGTAGATTACTCGGGCACCACACCCTCAAAGTAACTAAGGGATTACGAATCGGGATGCTACTATTTATCGTGTCAGAAGTGCTATTTTTCTTCTCTTTCTTTTGGGCTTTCTTCCATAGCAGACTAAACCCCACCATAGAACTTGGGGGAGTGTGACCACCTGCACACGTCGCCCCCTTCAATCCTTTTCAAACTCCGCTTTTAAACACAGCTATTCTACTCGCCTCTGGGGTGACTGTCACCTGAGCACACCACTCAGTCATAGAAAGCCTTCATAGAAGAGCTGTTAACAGTCTAACCATAACAGTAAGTCTTGGCCTGTATTTTTCAGCCCTCCAAGGAATAGAGTACATAGAGGCCCCATTTACTATAGCAGACTCTGTATACGGTTCCACTTTCTTTGTAGCGACTGGCTTCCACGGGTTACATGTAGCTATCGGTACTACTTTCTTAATCGTATGTACAGCACGCTTACTAAACGGCCATTTTTCGACCACTCACCACACCGGGTTAGAAGCTGCTATTTGGTACTGGCATTTTGTAGATGTTGTATGATTATTCCTGTACGTATCCATCTACTGGTGGGGCTCA---ATGACAAAATCTACCACTAAAGCAAACCCATTAATAAAGGTATTTAGAAGTACTTTTATTAATCTGCCCGCTCCGACCAATATCTCAACTTTATGAAATTTTGGGTCCCTCCTCTCCCTATGTATAGGGATCCAAATTACTTCAGGGCTCTTTCTAGCTTCTGCTTACTCAGCAGATCTAGAGGGCTCTTTCGCTTTGGTGACACAGACTATGGAGACAATAGACAAGGGTTGGTTAATCCGTAGGGTGCACGCAAATGGCGCCTCTCTATTTTTTGCTTGCCTCTACCTCCACGTAGGCCGGGGACTATACTACGGGTCTTTCGCCCTAGCCCAGGTTTGGTCAGCTGGAACCACCTTACTACTCTTAACTATGGCCACGGCCTTTATAGGCTATGTCCTACCAGCAAACCAAATATCATTTTGAGGCGCTTCTGTTATTACAAATTTATTCTCAGAAGTACCCTATCTAGGGCCCACTATTGTCCAATTCATTTGGGGGGGAGGGGCGGTGGACAGGCCAACTATTATACGATTTTTTACGTTCCATTTTTTTTTGCCCTTTGTCATGCTAGCCCTAGTCATTGTACATATTACTTTCCTCCACCAGACCGGCTCTAGAAACCCCCTGGGAATCTCATCTACAACCAGAAAAATTAGGTTTAACTCCTTTTTGTCATTTAAAGACCTCTTTGGGGTCAGAGCAGCAACCTTCGCGTTCCTGTACCTAAACTTTTACTGGCCTTTACTACTTTCTGACCAAGAAAATTTTAACCCCGCCAATCCATCAGTCACACCTAACCATATCCAACCAGAATGGTACTTCTTATTTGCCTACGCAATTTTACGTTCTATCCCTAATAAACTTGGGGGCGTAGTAGCCTTACTCCTGTCCGTCCTAGTTCTTTACACCTTGCCCCTTACTTTCAGAGCTAAACTAAAAAGGGCCAGGTTTTACCCCCCTAATATATTTCTATTTTGGACCTTTATTGCCACAACCGCCCTACTAACATGAATTGGGGCCCAGCCTGTAGAAGACCCTTATATCCTCACAGGGCAACTCTTAACAGTCGTGTATTTCGCCTACTTCCTACTAACGCCCATACT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Brachyuropus_grewingkii 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Crypturopus_tuberculatus 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Gammarus_duebeni 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Gammarus_fossarum 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Gammarus_lacustris 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Gammarus_pisinnus 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Gammarus_roeselii 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Garjajewia_cabanisii 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Gmelinoides_fasciatus 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Pallaseopsis_kessleri 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Crypturopus_tuberculatus 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Eulimnogammarus_vittatus 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Gammarus_duebeni 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Gammarus_fossarum 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Gammarus_lacustris 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Gammarus_pisinnus 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Gammarus_roeselii 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Gmelinoides_fasciatus 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Pallaseopsis_kessleri 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